ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР
DOI:
https://doi.org/10.37884/3-2024/13Ключевые слова:
вироид, PLMVd, ОТ-ПЦР, клонирование, секвенирование, нуклеотидный анализ.Аннотация
Вироиды, мельчайшие растительные патогены, наносят значительный экономический ущерб сельскому хозяйству во всем мире. В настоящее время большое внимание уделяется их своевременной диагностике с целью предотвращения их дальнейшего распространения. Впервые на территории Республики Казахстан была проведена молекулярная диагностика вироида PLMVd – возбудителя латентной мозаики персика, входящего в перечень карантинных патогенов на территории стран ЕАЭС. Образцы листьев груш, вишен, персиков и абрикосов, собранных в Алматинской области, были проанализированы на присутствие вироида. Обратная транскрипция с последующей полимеразной цепной реакцией (ОТ-ПЦР) в присутствии разработанных нами специфичных праймеров, выявила в двух образцах персика, произрастающих на территории г. Алматы и Карасайском районе Алматинской области, ДНК-фрагмент длиной 338 пар нуклеотидов. ПЦР-продукты были клонированы в бактериальный вектор с последующим определением их нуклеотидной последовательности. Секвенирование по Сэнгеру и проведенный BLAST-анализ подтвердили присутствие нуклеиновой кислоты PLMVd в изучаемых образцах. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей местных изолятов PLMVd показал их сходство между собой на 95,5% и на 81-96% с опубликованными вариантами из других стран.
Библиографические ссылки
Tsagris E.M., Martínez de Alba A.E., Gozmanova M., Kalantidis K. Viroids. Cell Microbiology. – 2008. - Vol. 10. – P. 2168-79. doi: 10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x.
Ortolá B., Daròs J.-A. Viroids: Non-Coding Circular RNAs Able to Autonomously Replicate and Infect Higher Plants // Plants. Biology (Basel). – 2023. – Vol. 12. – P. 172. doi: 10.3390/biology12020172.
Надирова Л.Т., Станбекова Г.Э., Бейсенов Д.К., Искаков Б.К. Молекулярная диагностика вироида веретеновидности клубней картофеля в Республике Казахстан // Eurasian Journal of Applied Biotechnology. – 2018. – №3. doi: 10.11134/btp.3.2016.5.
Надирова Л.Т., Станбекова Г.Э., Искаков Б.К. Молекулярная диагностика вироидов плодовых растений // Материалы междунар. конференции «Современные проблемы молекулярной и клеточной биологии, биохимии и биотехнологии». г. Алматы, 2009 г. – С. 46.
Bussiere F., Quellet J., Cote F., Levesque D. and Perreault J.P. Mapping in solution shows the peach latent mosaic viroid to possess a new pseudoknot in a complex, branched secondary structure // J. Virology. – 2000. – Vol. 74. – P. 2647–2654. doi: 10.1128/jvi.74.6.2647-2654.2000.
Di Serio F., Flores R., Verhoeven J. T. J., Li S.-F., Pallás V., Randles J. W., Owens R. A. Current status of viroid taxonomy // Archives of Virology. - 2014. – Vol. 159. – P. 3467–3478. doi: 10.1007/s00705-014-2200-6.
Desvignes J.C. Different symptoms of the peach latent mosaic // Acta Phytopathologica Academia Sciencae Hungariae. – 1980. – Vol. 15. - P. 183-190. doi:17660/ActaHortic.1981.94.24.
Ambrós S., Llácer G., Desvignes J.C., Flores R. Peach latent mosaic and pear blister canker vi-roids: detection by molecular hybridization and relationships with specific maladies affecting peach and pear trees // Acta Horticulturae. – 1995. – Vol. 386. - P. 515–521. doi: 10.17660/actahortic.1995.386.74.
Ambrós S., Hernández C., Desvignes J.C., Flores R. Genomic structure of three phenotypically different isolates of peach latent mosaic viroid: implications of the existence of constraints limiting the heterogeneity of viroid quasispecies // Journal of Virology. – 1998. –Vol.7. – P. 397-406. doi: 10.1128/JVI.72.9.7397-7406.1998.
Ragozzino E., Faggioli F., Barba M. Development of a one tube-one step RT-PCR protocol for the detection of seven viroids in four genera: Apscaviroid, Hostuviroid, Pelamoviroid and Pospiviroid // J. Virol. Methods. – 2004. - Vol.121. – P. 25–29. doi:10.1016/j.jviromet.2004.05.012.
Parisi O., Lepoivre P., Jijakli M.H. Development of a quick quantitative real-time PCR for the in vivo detection and quantification of peach latent mosaic viroid // Plant Disease. – Vol. 95. – P. 137-142. doi: 10.1094/PDIS-07-10-0512.
Приходько Ю.Н., Живаева Т.С., Лозовая Е.Н., Шнейдер Ю.А., Каримова Е.В. Разработка методов диагностики вироида латентной мозаики персика (PLMVd) // Фитосанитария. Карантин растений – 2021. – №3. – С.47-57. doi:10.69536/FKR.2021.27.95.001.
Luigi M., Faggioli F. Development of quantitative real-time RT-PCR for the detection and quantification of peach latent mosaic viroid // Eur. J. Plant Pathol. – 2011. Vol. 95. – P. doi: 137–142. 10.1007/s10658-010-9738-2.
Boubourakas I.N., Fukuta S., Kyriakopoulou P.E. Sensitive and rapid detection of peach latent mosaic viroid by the reverse transcription loop-mediated isothermal amplification // J. Virol. Methods. - 2009. Vol. 160. – P. 63–68. doi:10.1016/j.jviromet.2009.04.021.
Lee H.J., Kim H.J., Lee K., Jeong R.D. Rapid detection of peach latent mosaic viroid by reverse transcription recombinase polymerase amplification // Mol Cell Probes. – 2020. Vol. 53. –P. 101627. doi: 10.1016/j.mcp.2020.101627.
Zhang Y., Yin J., Jiang D., Xin Y., Ding F., Deng Z., Wang G., Ma X., Li F., Li G., Li M., Li S., Zhu S. A universal oligonucleotide microarray with a minimal number of probes for the detection and identification of viroids at the genus level // PLoS One. – 2013. – Vol. 8, 5 e64474. doi: 10.1371/journal.pone.0064474.
Долгих С., Кабылбекова Б. Перспективы производства сертифицированного посадочного материала плодовых культур в казахстане // Izdenister Natigeler. -2023.- №2 (98). - С. 133–143. doi: 10.37884/2-2023/1.
Li R., Mock R., Huang Q., Abad J., Hartung J., Kinard G. A reliable and inexpensive method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens // J Virol Methods. – 2008. – Vol. 154. – P. 48-55. doi: 10.1016/j.jviromet.2008.09.008.
Zhou M-Y., Gomez-Sanchez C.E. Universal TA Cloning // Current Issues in Molecular Biology. – 2000. – Vol. 2. – P.1-7. doi.org/10.21775/cimb.002.001.
Загрузки
Опубликован
Как цитировать
Выпуск
Раздел
Лицензия
Copyright (c) 2024 Izdenister natigeler
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution-NonCommercial» («Атрибуция — Некоммерческое использование») 4.0 Всемирная.
