СРАВНИТЕЛЬНАЯ ОЦЕНКА МЕТОДОВ ВЫДЕЛЕНИЯ ДНК ПРИ SNP ГЕНОТИПИРОВАНИИ КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА
DOI:
https://doi.org/10.37884/4-2022/04Ключевые слова:
выделение, генотипирование, ДНК, животноводство, методы, SNP, крупный рогатый скотАннотация
В статье представлены результаты сравнения методов выделения при проведении SNP генотипирования крупного рогатого скота (КРС). Успешное проведение генотипирования зависит от получения ДНК из образцов в достаточном количестве и качестве для проведения молекулярных реакций. В работе применялись три метода экстракции нуклеиновых кислот. Методика выделения с использованием коммерческого набора PureLink Genomic DNA Mini Kit (Thermo Fisher Scientific, USA) показала наибольшую степень выхода и чистоты нуклеиновых кислот. При выделении ДНК из волосяных луковиц КРС набором PureLink Genomic DNA Mini Kit средняя концентрация ДНК в образцах составила 151,78 нг/мкл, извлечение ДНК комплектом «ДНК-сорб-В» составила 21,51 нг/мкл и фенол-хлороформный метод соответствовал 175,08 нг/мкл. Экстрагированные ДНК животных в дальнейшем использовали для проведения генотипирования SNP методом. Большинство оцененных методов экстракции позволили амплифицировать значительное количество ДНК. Результаты генотипирования в образцах выделенных с применением PureLink Genomic DNA Mini Kit по сравнению с остальными образцами показали 100 % амплификацию продуктов. Из методов, протестированных в этом исследовании, экстракция данным набором была наиболее эффективной с точки зрения дальнейшего обнаружения ДНК.
амплифицировать значительное количество ДНК. Результаты генотипирования в образцах выделенных с применением PureLink Genomic DNA Mini Kit по сравнению с остальными образцами показали 100 % амплификацию продуктов. Из методов, протестированных в этом исследовании, экстракция данным набором была наиболее эффективной с точки зрения дальнейшего обнаружения ДНК
Библиографические ссылки
Столповский Ю.А. Популяционно-генетические основы сохранения генофондов доместицированных видов животных. Вавиловский журнал генетики и селекции, 2013, т.17, № 4/2, С.901-213.
Манцевич Е.А., Епишко О.А., Генотипирование крупного рогатого скота по гену LEP. УО «Гродненский государственный аграрный университет», г. Гродно, Республика Беларусь, 2019 г.,С. 146-150.
Ганджа А.И., Курак О.П., Леткевич Л.Л., Симоненко В.П., Кириллова И.В., Журина Н.В., Ковальчук М.А. // Генотипирование эмбрионов крупного рогатого скота на основе ДНК-анализа. РУП «Научно-практический центр Национальной академии наук Беларуси по животноводству», г. Жодино, Минская обл., Республика Беларусь, 2014.
Янич Ф., Влияние полисахаридов на продуктивные качества новотельных коров голштино-фризской породы в условиях тоо «БЕК+». Izdenister Natigeler, (2 (94), С.12–20. 2022 https://doi.org/10.37884/2-2022/02.
Эрнст Л.К., Дмитриев Н.Г., Паронян И.А., Истомин А.А. Генетические ресурсы сельскохозяйственных животных в России и сопредельных государствах. СПб., 1994, С.473.
Моисеева И.Г., Уханов С.В., Столповский Ю.А. и др. Генофонды сельскохозяйственных животных: генетические ресурсы животноводства России/Под ред. И.А. Захарова. М.:Наука, 2006. С. 466.
Эрнст Л.К., Зиновьева Н.А. Биологические проблемы животноводства в ХХ1 веке. М.,2008. С.505.
Fernández, María E. Comparison of the effectiveness of microsatellites and SNP panels for genetic identification, traceability and assessment of parentage in an inbred Angus herd // Genetics and Molecular Biology 36, 2, P. 185 – 191 2013.
Barker K. Phenol-Chloroform Isoamyl Alcohol (PCI) DNA Extraction / Barker K // At the bench: a laboratory navigator. 1st edn. (Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1998) P. 284–289.
Deniskova, T.E., Sermyagin, A.A., Bagirov, V.A. et al. Comparative analysis of the effectiveness of STR and SNP markers for intraspecific and interspecific differentiation of the genus Ovis . Russ J Genet 52, P. 79–84 (2016).
Morin, P.A., Luikart, G., and Wayne, R.K., The SNP workshop group: SNPs in ecology, evolution and con servation, Trends Ecol. Evol., 2004, vol. 19, P. 208– 216. 7.
Vignal, A., Milan, D., Sancristobal, M., and Eggen, A., A review on SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics, Genet. Sel. Evol., 2002, vol. 34, P. 275–305.
