ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ

Авторы

  • Индира Бейшова НАО «Западно-Казахстанский аграрно-технический университет имени Жангир хана»
  • Диляра Гриценко РГП на ПХВ «Институт биологии и биотехнологии растений»
  • Малика Шамекова РГП на ПХВ «Институт биологии и биотехнологии растений»
  • Александр Пожарский РГП на ПХВ «Институт биологии и биотехнологии растений»
  • Татьяна Ульянова НАО "Западно-Казахстанский аграрно-технический университет имени Жангир хана"
  • Александр Ковальчук НАО «Западно-Казахстанский аграрно-технический университет имени Жангир хана»

DOI:

https://doi.org/10.37884/4-2023/02

Ключевые слова:

полногеномный поиск ассоциаций, лошади, тип джабе, адайский тип, найманский тип, мугалжарская порода, кушумская порода, костанайская порода, SNP

Биография автора

Татьяна Ульянова, НАО "Западно-Казахстанский аграрно-технический университет имени Жангир хана"

Ульянова Татьяна Владимировна, PhD, старший научный сотрудник лаборатории биотехнологии и диагностики инфекционных болезней, НАО «Западно-Казахстанский аграрно-технический университет имени Жангир хана», г. Уральск, ул. Жангир хана 51, 090009, Республика Казахстан, tatyana.poddudinskaya@gmail.com

 

Аннотация

В настоящей работе представлены результаты полногеномного поиска ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) с продуктивными качествами у отечественных пород лошадей, полученные на основании данных SNP-генотипирования животных, проведенного с помощью набора реагентов Equine 80k HTS («Illumina Inc.», США). Объектом исследований являлись лошади следующих пород и типов: казахской типов джабе (n = 631), адай (n = 303) и найман (n = 158), мугалжарской (n = 584), кушумской (n = 226) и костанайской (n = 116) пород. Сбор информации по фенотипическим данным лошадей проводили до отбора проб, при этом измеряли следующие показатели: высота в холке, косая длина туловища, обхват груди, обхват пясти и живую массу. Общее число SNP, отобранных по результатам контроля качества, составило 60 987. Полногеномный поиск ассоциаций был проведен с помощью линейной регрессии с адаптивным методом перестановок Монте-Карло с коррекцией p-значения для множественных сравнений в программе PLINK1.9. В ходе анализа были выявлены 60 полиморфизмов, сцепленных с генами, участвующими в регуляции процессов развития соединительной ткани и костной системы, нервной системы, регуляции иммунной системы и других процессах. Проведенная работа подтвердила актуальность применения подобного подхода в полногеномно-ассоциативных исследованиях для детектирования единичных SNP, связанных с отдельными признаками.

Библиографические ссылки

Wade C.M. Genome Sequence, Comparative Analysis, and Population Genetics of the Domestic Horse [Text] / C.M. Wade, E. Giulotto, S. Sigurdsson, et al. // Science. – 2009. – V. 326. – P. 865-867.

Finno C.J. Applied equine genetics [Text] / C.J. Finno, D.L. Bannasch // Equine Veterinary Journal. - 2014. – V. 46. – P. 538-544.

Hill E.W. A genome-wide SNP-association study confirms a sequence variant (g.66493737C>T) in the equine myostatin (MSTN) gene as the most powerful predictor of optimum racing distance for Thoroughbred racehorses [Text] / E.W. Hill, B.A. McGivney, J. Gu, et al. // BMC Genomics. – 2010. – V. 11. – P. 552-1-552-10.

Rieder S. Molecular tests for coat colours in horses [Text] / S. Rieder // J Anim Breed Genet. – 2009. – V. 126. – P. 415-424.

Brosnahan M.M. Equine clinical genomics: A clinician's primer [Text] / M.M. Brosnahan, S.A. Brooks, D.F. Antczak // Equine Vet. – 2010. – V. 42. – P. 658-670.

Chang C.C. Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets [Text] / C.C. Chang, C.C. Chow, L.C. Tellier, et al. // GigaScience. - 2015. – V. 4. – P. 7-1-7-16.

Бейшова И.С. Изучение генетического разнообразия отечественных пород лошадей с использованием полногеномного анализа SNP [Текст] / И.С. Бейшова, Д.А. Гриценко, М.Х. Шамекова, А.С. Пожарский, Т.В. Ульянова, А.М. Ковальчук // Izdenister Natigeler. – 2023. - № 3 (99). - С. 48-58.

McLaren W. The Ensembl Variant Effect Predictor [Text] / W. McLaren, L. Gil, S.E. Hunt, et al. // Genome Biology. – 2016. – V. 17. – P. 122-1-122-14.

Sherman B.T. DAVID: a web server for functional enrichment analysis and functional annotation of gene lists (2021 update) [Text] / B.T. Sherman, M. Hao, J. Qiu, et al. // Nucleic Acids Research. - 2022. – V. 50. – P. 216-221.

Bailey E. Genetics of Thoroughbred Racehorse Performance [Text] / E. Bailey, J.L. Petersen, T.S. Kalbfleisch // Annual Review of Animal Biosciences. - 2022. – V. 10. – P. 131-150.

Raudsepp T. Ten years of the horse reference genome: insights into equine biology, domestication and population dynamics in the post-genome era [Text] / T. Raudsepp, C.J. Finno, R.R. Bellone, J.L. Petersen // Animal Genetics. - 2019. – V. 50. – P. 569-597.

Загрузки

Опубликован

06.12.2023

Как цитировать

Бейшова, И., Гриценко, Д., Шамекова, М., Пожарский, А., Ульянова, Т., & Ковальчук, А. (2023). ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ С ПРОДУКТИВНЫМИ КАЧЕСТВАМИ У ОТЕЧЕСТВЕННЫХ ПОРОД ЛОШАДЕЙ. Izdenister Natigeler, (4 (100), 11–19. https://doi.org/10.37884/4-2023/02

Выпуск

№ 4 (100) (2023): Исследования, результаты

Раздел

ЖИВОТНОВОДСТВО И ВЕТЕРИНАРИЯ

Лицензия

Copyright (c) 2023 Izdenister natigeler

Лицензия Creative Commons

Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution-NonCommercial» («Атрибуция — Некоммерческое использование») 4.0 Всемирная.

Наиболее читаемые статьи этого автора (авторов)